El lugar que hoy ocupa el edificio central primitivamente fue el patio de armas y alrededor zonas para deposito de armas y pólvora y alojamiento de la guarnición, que durante mucho tiempo estuvo cubierta y le anexaron a los muros por el exterior, una serie de construcciones con el fin de ampliar su capacidad, a la vez que se levantaron troneras y unos depósitos para almacenar el agua.

La captura y encarcelamiento de estos estudiantes en la 21 suscitó airadas protestas del estudiantado posteriormente a este hecho, Tacho Ortíz daría la orden de abrir fuego contra el manifestante asesinando a los tres estudiantes universitarios mártires (José Rubí, Sergio Saldaña y Erick Ramírez) 23 de Julio de 1959.

1978 – El Sábado 9 de Septiembre, un contingente guerrillero del FSLN ataca la cárcel de la 21 y el comando departamental de la décima compañía de la Guardia.

Inyectaban drogas estimulantes a la víctima para evitar que perdieran el conocimiento mientras eran torturados.

Algunos de los oscuros personajes de esa época vinculada a estos hechos criminales, nunca fueron juzgados ni condenados. Su altar es de bella forma, de madera labrada, dedicado a la Purísima Concepción, quizás con motivo de Bodas de Plata de la Declaración Dogmática, porque tiene en su parte más alta, esta inscripción «Obre VI MDCCCLXXXI»

En el interior se conservan sus antiguos pilares que en la Tribuna de sus pies se conservan visiblemente hermosos ejemplares de zapatas labradas. Junto al iglesia se construyó la escuela de la Recolección, establecida el 22 de Noviembre de 1880 por Sor Victoria Antonieta Holfembeiem, de nacionalidad francesa, perteneciente a la congregación de Hermanos de San Vicente de Paúl.

Esta, originalmente pobre pero sobria, no tiene mucho interés debido a las intervenciones que la deforman por la adaptación de las torres y adornos modernos sin embargo, el muro de su fachada sur conserva su estructura y disposición original, con los contrafuertes alineados paralelamente aleje de la calle.