Debido a la importancia del río San Juan como parte de la ruta que atraviesa el istmo, el conquistador Hernán Cortés le escribió una carta al Rey Carlos I de España en 1524 en la que decía: “Aquél que posea el río San Juan, puede considerarse dueño del mundo.”

Por los próximos 300 años, el río podría ser considerado una importante ruta migratoria y comercial; habiendo sido atravesado por piratas infames como Sir Frances Drake y Henry Morgan; figuras históricas notables como el Almirante Horace Nelson; incontables desconocidos como los “69”, quienes golpeados por la fiebre del oro seguían la ruta de Cornelio Vanderbilt en tránsito hacia las costas del Pacífico de California; filibusteros ambiciosos que buscaban el control de América Central; pero también por intelectuales aventureros como Ephraim George Squier y Mark Twain.

En resumen, sus aguas han sido surcadas por conquistadores, navegantes, corsarios, gobernantes, obispos, militares, aventureros, viajeros, diplomáticos, científicos y escritores de varias naciones y en diversas épocas. Hoy, el río es tan rico en historia como en bellezas naturales. Parte de su curso circula junto a una extensa selva lluviosa tropical, en la esquina más húmeda de Nicaragua, una de las áreas más lluviosas en el continente.

Por sus condiciones naturales y esplendorosos paisajes, el río San Juan es el atractivo ecoturístico de mayor potencial en el país; un interesante reto para el amante de la naturaleza y de la aventura, en fin, de todos aquellos que quisieran experimentar la grandiosa seledad de un río y de una selva tropical , explorando ciertos parajes que se han conservado inalterables desde el descubrimiento de América, y probablemente desde el inicio del río mismo en los albores de la historia de la tierra.

Río abajo, pasando El Castillo, se encuentra la reserva biológica Indio Maíz. Considerada una reserva de la biosfera del mundo, cubre 295,000 hectáreas. Esta reserva tiene una gran riqueza en su flora y fauna.